Fondé en 1940 par la famille du docteur Mugica, l'établissement ouvre ses 40 premiers lits. Il accueillera d'abord des militaires en période de guerre.
Dès 1955, l’établissement possède 168 lits pour traiter les insuffisances respiratoires. A partir de 1975 s’amorce la reconversion de lits de phtisiologie en lits de réadaptation cardio-respiratoire. Au fil des années, Toki Eder développe de nouvelles expertises et en 1993, il devient un centre de Soins de Suite et de Réadaptation (SSR) spécialisé dans les affections cardio-respiratoires et les affections respiratoires de 144 lits et ouvre une unité de Médecine de 7 lits. En 2005, 4 places d’hospitalisation à temps partiel de jour sont ouvertes pour les patients de proximité.
Toki Eder est un établissement privé à but non lucratif qui, depuis 1999, a pour objectif de moderniser son bâtiment, d’améliorer la rééducation et maximiser les chances d’une réhabilitation réussie pour ses patients en mettant en place des programmes d’éducation thérapeutique correspondants aux pathologies prises en charge et autorisés par l’Agence Régionale de Santé (ARS).